En la llanura del Baix Ter aparecen distintos tipos de ambientes relacionados con el agua, que resultan del equilibrio dinámico entre tierra, mar y agua dulce. La interacción entre el mar, el río y los sedimentos que este transporta han configurado un mosaico muy diverso de ecosistemas, con variaciones muy sutiles en la duración de la inundación, la profundidad, la salinidad, el contenido de nutrientes o el tipo de sustrato. A continuación se describen los principales ecosistemas acuáticos que se encuentran en el Baix Ter. La variedad de ambientes y la diversidad de organismos que alberga es uno de los principales valores ecológicos de estas zonas húmedas.

- la marisma y las lagunas costeras salubres
- las lagunas costeras de agua dulce
- las surgencies de agua dulce
- los estanques temporales interiores
- el estuario del río Ter
- ambientes acuáticos fuertamente humanizados